現代刺客組織聯絡正在使用基因記憶追溯軟件「Animus」的玩家，要求進入活躍於工業革命晚期兩位英國孿生刺客的記憶，從而比宿敵現代聖殿騎士團搶先取得位於當地的第一文明遺物「伊甸碎片」（Piece of Eden）。

1868年，英國刺客組織已近滅絕，聖殿騎士團全面控制了首都倫敦。刺客姊弟雅各和伊薇於克勞利各自刺殺了兩名騎士團要員後決定前往倫敦，聯合當地犯罪集團和在小說家查爾斯·狄更斯（Charles Dickens）、生物學家查爾斯·達爾文（Charles Darwin）、維多利亞女皇（Queen Victoria）、發明家亞歷山大·格拉漢姆·貝爾（Alexander Geaham Bell）、政治學家卡爾·馬克思（Karl Marx）及護理人員弗羅倫斯·南丁格爾（Florence Nightingale）協助下^[14][15]奪回城市^[6][16]。